Вот я щас тоже написал на C#->GTK# прогу, в линухе, всё норм работает.
Никаких абсолютно нет сложностей для создания пользовательского интерфейса вобщем то,
но при условии если знаешь студию или чо нить подобное, но есть одно НОООООО!!!
Это просто х... т.к. в Винде ты уже не запустишь эту прогу, если конечно не консольную делать будешь.
А юзать Windows.Form ясное дело что MonoDevelop не может (ну всмысле графического построения GUI),
Вобщем как ни крути но юзать C# надо в Visual Studio.
В линухе идеальный вариант это Java. Качай NetBeans и радуйся.
P.S. GTK# Runtime в винде это бред полнейший.