Нет, удалял не из под рута. Среди содержимого домашней папки (видео, шаблоны, загрузки) красовалась маленькая иконка (т.е. значок был не как у папки а мой рабочий стол) рабочего стола, я ее удалил за ненадобностью. Корзину почистил и со спокойной душой пошел спать, на утро обнаружил содержимое домашней папки на рабочем столе, погуглив немного, решил что это из за удаления этого самого файла под именем "рабочий стол", к сожалению, решения данной проблемы ни кто не предлагал.
Я в принципе не сильно расстраиваюсь, т.к. буду переустонавливать ОС на другой хард, но проблема остается не решенная..
ubuntu 12.04