вот только что столкнулся с этой проблемой.
ms-sys с mbr помог, но у меня он не хотел ставиться из за отсутствия пакета gettext, но у меня lubuntu
после установки и разметки, форматирования флехи в fat32 надо:
ms-sys -7 /dev/sdX
ms-sys -e /dev/sdX1
и всё грузится, если универсалку и для efi делать
судя по описанию для ntfs надо:
ms-sys -7 /dev/sdX
ms-sys -n /dev/sdX1
но сам не пробовал, мне efi надо на 2 комп