Тогда это странно. Или все же что-то неправильно сделали, например при установке, или...
Что выдает команда yandex-disk status ?
Если ничего не помогает, попробуйте обратиться в службу поддержки яндекса, они отвечают, и обязательно укажите, что у Вас серверная версия системы Ubuntu 14.04. Еще один вариант - прописать команду yandex-disk start в скрипт для запуска вручную.