что с этим делать?
очевидно, удалять dotnet 1.1 и устанавливать dotnet 2.0. Либо выбирать, что именно Вам нужно (2.0 / 1.1). В статье же сказано:
установка дополнительны компонентов в Wine вопрос щекотливый и единой инструкции дать невозможно (wine постоянно обновляется)
Вы не столкнулись с реальной проблемой работы wine. У Вас конфликт библиотек и компонентов windows, которыми Вы пытаетесь наполнить префикс. Суть наполнения префикса в том, что Вам следует определить для себя, что нужно приложениями, которые Вы пытаетесь запускать. Иными словами, не втупую выполняем все приведенное в статье, а читаем статью, и определяем для себя что именно следует ставить.
Информация по тому, как создать 32-х битный префикс:
тут.
Информация по тому, как набивать префикс:
еще вариант.
Наполнение моего префикса, где много чего работает (конкретно Ваше приложение ставить нет желания, так что гарантировать его запуск не могу):
dll: d3dx10, d3dx10_43, d3dx11_43, d3dx9, d3dx9_24, d3dx9_25, d3dx9_26, d3dx9_27, d3dx9_28, d3dx9_29, d3dx9_30, d3dx9_31, d3dx9_32, d3dx9_33, d3dx9_34, d3dx9_35, d3dx9_36, d3dx9_37, d3dx9_38, d3dx9_39, d3dx9_40, d3dx9_41, d3dx9_42, d3dx9_43, d3dxof, devenum, dinput8, dirac, directmusic, directplay, directx9, dmsynth, dotnet11, dotnet11sp1, dotnet20sp2, dsound, dxdiag, dxdiagn, gdiplus, gdiplus_winxp, gmdls, icodecs, l3codecx, mfc40, mfc42, msvcirt, physx, quartz, vb5run, vb6rub, vcrun2003, vcrun2005, vcrun2008, vcrun2010, vcrun6, vcrun6sp6, wmp10, wsh56js, wsh56vb, wsh57, xact, xinput, xvid
fonts: corefonts
И к слову уж: если через winetricks не ставится что-то - можно поискать инсталлятор в сети. Вполне возможно, что сторонний инсталлятор установит требуемую библиотеку без каких-либо проблем (у меня стоят одновременно dotnet11, dotnet11sp1, dotnet20sp2, как можно видеть из списка выше).