Вот этой камандой удалось удалить большинство клоновых программ. Осталось единицы руками почистить.
sudo apt-get remove gnome*
Надеюсь ничего нужного для работы Linux и Mate в частности я не удалил.
Пользователь решил продолжить мысль 10 Декабря 2015, 14:59:28:
Странно, после удаления мне было предложено установить какие то пакеты. Я согласился. Пока вроде всё норм работает.