Сохранить все конфиги LAMP, затем после полной переустановки всего, вернуть конфиги на прежнее место.
Вероятно, если будет установлена более новая версия apache2 и php, то там изменился синтаксис конфигов и некоторые параметры придётся корректировать.
Как отметили выше, варианта "Ляг поспи и всё пройдёт..." не существует.