Такс. После различных тестов я совсем запутался. Во-первых, если зайти в систему под рутом, то всё пашет (для этого надо разрешить локальный вход администратора). Если сделать sudo su, то всё пашет, при этом вроде как действительно заходим под рута и загружаем все его настройки. Но вот если сделать просто su, то запуск gedit (подозреваю, что и других приложений гнома) сопровождается дикой руганью и при этом я не могу изменить никакие настройки в запущенном приложении. Мне, честно говоря, всё равно что делать, su или sudo su (в конце концов можно alias su='sudo su'), мне главное зайти под рута, но вот разобраться в таком, мягко говоря, странном поведении очень хочется.