Имхо, всю систему особого смысла бэкапить нет, тем более при отсутствии серверных задач.
Только если там нетривиальная установка или проблемный инет.
В общем случае, полагаю, что наиболее универсальным вариантом будет rsync.
К нему можно найти какие-то GUI, если потребуется.
Если нужна удобная ротация, то рекомендую посмотреть rsnapshot (он работает через rsync)
А вот для конфигов и документов в хомяке хорошо подходит DejaDup.
У него дружелюбная настройка, несколько точек отката, поддержка шифрования и различных протоколов доступа до хранилища.
Однако, на больших объёмах я его не тестил.