Peter_I, доброго!
скорее всего, глюк gpu-manager, а конкретней - пакета ubuntu-drivers-common. Я думаю, что он всего навсего не дружит с bumblebee, так как заточен под nvidia-prime, и прибит в Ubuntu по дефолту гвоздями.
gpu-manager, в случае если выбран режим nvidia (в nvidia-settings или через prime-select), сам создает /etc/X11/xorg.conf, в котором, как вы и говорили, "запрещается" карта Intel (кстати, закоментировать было достаточно только секцию ServerLayout). Если выбрать режим Intel, то gpu-manager этот xorg.conf "удаляет", и система стартует нормально.
Все ИМХО, сделал выводы исходя из своего опыта, что конкретно сотворилось в вашей системе можете точно ответить только Вы сами после некоторых исследований