meld даёт обычное сравнение папок, сравнивая в них файлы с одинаковыми именами, а тут нужно сравнить содержание всех файлов, независимо от их имён...
***
Подумал: а если просто собрать все файлы в один временный файл, отсортировать по строкам - и сравнить его с таким же предыдущим файлом - а затем выдать различающиеся строки.
Но тогда каждой строке нужны атрибуты - полное имя файла и номер строки в файле...