Месье, какие костыли, о чем вы?... Что xampp, что denwer - родной апач, родной мускуль, родной phpmyadmin со своими конфигами, а теперь, внимание, собранные в одной папке. Или ubuntu собранная на флешке - это тоже "костыль"?..
У самого настроен web-сервер в системе, крутятся три сайта, сейчас вот сижу соображаю, какие бы папки и где они лежат, забекапить, чтоб Ubuntu HH поставить. А так - сделал бекап /opt/lampp и порядок.
Костыли называются "Designed from windows"
1. для "собранных в одной папке" есть дистриб GoboLinux, а не дебиан, на первый взгляд такая структура удобнее, но если еще подумать то нет (как например сделать свой вариант дистриба без документации, или смонтировать /tmp или /home на отдельный раздел или другую машину)
2. "сейчас вот сижу соображаю" - делайте апгрейд все само заапгрейдится, если апач установлен, иначе приходится "думать"
3. всеми пакетами управляет система пакетов, уже все отлажено, зачем чего-то вручную перетаскивать
4. в вашем ксампе корректно прописан старт апача из init.d/ ?
5. в вашем ксампе корректно установлены права запуска апача?
ПС: я не вам советую, что делать, а отвечаю на вопрос "Я нубко так что незнаю как правильно на линя апатч поставить"
т.е. как __правильно__ поставить, так что не путайте "нубков"