Программы от гнома тянут зависимости от гнома, программы от кде тянут зависимости от кде, поэтому люди используют программы, писанные под конкретный DE. Если оба DE стоят - во-первых, это глюки, как ни странно, во-вторых - куча места сжирается зависимостями. Одно скажу точно: Unity - говно.