UPD: неправильно понял проблему, поэтому мои размышления на тему (ниже) не актуальны
Хороший вопрос, мне тоже интересен ответ, столкнулся с этим какое-то время назад.
Я для себя сделал такой вывод - конфигурация с системой, расположенной в корне, некорректна.
Система и бэкапы должны быть расположены в разных подтомах.
В принципе,
wiki это подтверждаетРешение без переустановки точно уже не помню, на свой страх и риск выполняйте, может перестать загружаться система
1) Сделать снимок рабочей системы в отдельном подтоме, например /@
2) Перенастроить grub
в корне диска на загрузку системы с /@ (информация есть в wiki)
3) Пофиксить fstab в подтоме /@ с учётом переноса системы
4) Перезагрузиться, удостовериться, что вы загрузились в подтом /@
Протестировать, спустя какое-то время переименовать все
папки в / кроме /boot, а затем и удалить.
Для этого можно просто смонтировать / куда угодно, например в /mnt/sda1-device/
Получается, конфиг GRUB будет в /boot, а система в /@
Возможно, переустановка лучше, чем такой "франкенштейн"
Как переместить конфиг GRUB в подтом @ и не сломать систему - я не выяснял, будет интересно узнать.