Рано или поздно вам придется переходить на конфигурации на управляемых формах, и да, придется перенести доработки.
Но это не так уж затратно и долго, особенно учитывая стоимость вендосервера и рдп лицензий к нему, денег, которые были потрачены впустую.
Если все это делалось задолго до появления управляемых форм (и, соответственно, вебморды), то еще можно понять. Но обновляться все равно нужно. А после обновления данный способ работы через РДП станет попросту бессмысленным.