Дело ведь не только во флешках... Например, приходиться работать с документами M$ Office.
Можно сказать и так, что сканер нужен хотя бы для того, чтобы "уважать" пользователей Винды, работая и возвращая им их чисто Виндовые (Офисные) документы.
Но это уже другая история, не относящаяся к теме топика (и каких на форуме предостаточно - типа "нужен или не нужен для Линукса антивирус").