Единственный способ это автоматический запуск только тех программ, ради которых злой юзер там и сидит, с отключением системных клавиатурных комбинаций.
И если так всё серьезно, нужно еще шерстить софтину, вдруг она имеет подключаемые плагины, или позволяет форкнуть что для автоматизации хз. Ограничить кол-во процессов на юзера в классах, итд итп.
Обнови систему, не давай рута и не люби мозги.