Найти все дублирующиеся строки в репах:
sudo find /etc/apt -type f -name '*.list' -exec cat {} + | sort | uniq -dc
Найти в каком(их) файлах дублирующиеся строка:
sudo grep -r 'строка' /etc/apt
Удаляем строки из файла:
sudo gedit /путь/файл
Для установки deb пакетов есть gdebi (GUI), или просто в терминале:
sudo dpkg -i пакет.deb