подниму ка тему,тем более тоже самое
но не только synaptic, а еще ubuntu-tweak.gparted и наверно все что требует пароль,через меню приложений даже не открываются
через sudo и gksu все нормально открывается и работает.
никаких паролей и политик и sudoers не менял и не правил
xubuntu 14.04
?
upd.
проблему решил установкой пакета policykit-1-gnome
его удаляет fingerprint-gui