Чуть повысить производительность Ubuntu на внешнем диске помогают:
1. В /etc/fstab опции монтирования всех разделов с внешнего устройства прописать noatime,nodiratime
2. Не делать swap (если вдруг без него никак - то можно потом сделать своп в файл)
3. Разделы делать в ext2 (даже если они были сделаны как ext4 их можно смонтировать как ext2)
И все равно - на флеш - лучше осью не пользоваться регулярно, а если только как "спасательный круг", у флешек количество циклов записи чтения сильно ограничено, а когда на ФС флешки крутится ОС, то записи идут в определенные области (логи) постоянно и тем самым число циклов записи быстро выбирается. Сам выкинул уже две флешки с которых пытался работать. Теперь пользуюсь внешним HDD.