xindy с русским языком вообще не работает. Постоянно выдает одну и ту же ошибку --- ...cannot be represented in the character set CHARSET:ISO-8859-1
Рекомендую по окончании работы скрипта, вызвать
makeindex ubuntu-manual-ru.idx
Это создаст .ind- файл, но не вполне правильно отсортированный. Упорядочить его записи руками недолго, можно в соответствии с русской полиграфической традицией выделить жирным шрифтом первые буквы в абзацах указателя.
А потом, когда .ind-файл готов, еще три раза вызвать
xelatex ubuntu-manual-ru.tex