Короче, мой опыт:
AMD: тормоза, глюки вертексных шейдеров (иногда критичные, как под линуксом, так и под виндой)
Nvidia: баг Wine #33632, ожидаемый отказ от OpenCL в новых дровах под линукс х86-32
Это если говорить о проприетарных дровах. Если о свободных, то вот:
AMD: тормоза, идут далеко не все игрушки
Nvidia: про игрушки практически можно забыть
Выбирайте.
п.с. Это все речь идет о системах с одной видюхой, за остальные ничего не скажу.