Упс. У меня сейчас Kubuntu 14.04, а в 12.04 я пользовался стандартной Ubuntu без Kmail.
Сейчас, Kmail входит в состав "электронного секретаря" Kontact, в котором можно нажать в меню "Настройка"/"Настроить Kmail..."/раздел "Внешний вид" в левом столбце/вкладка "Системный лоток".
Там проставить галочку "Значок в системном лотке" и переключатель на "Показывать всегда".
Посмотрите в Kmail в 12.04, возможно там что-то похожее.
Добавить приложение а автозагрузку при старте системы можно через "Настройки системы". Зайдите там в "Запуск и завершение"/слева "Автозапуск"/справа "Добавить приложение...".