sda1 почему-то не примонтировался. Попробуйте в Gparted щёлкнуть на нём правой клавишей мыши и выбрать "монтировать".
Да, бывали такие случаи, когда разметка винта не распознавалась. В чём проблема не знаю, но лечилось гильотиной: полной переустановкой всего и вся - сначала Windows, потом Ubuntu. Желательно с пересозданием таблицы разделов. Ещё вариант: попробовать другую версию Ubuntu. Вы какую ставите, 16.04? Из неё многое выпилили, да и сыровата пока. Попробуйте 14.04 - она тоже LTS.
А проблемы могли возникнуть по нескольким причинам:
1) Использование Акроникса для переразметки винчестера.
2) Использование пиратских сборок Windows, которые как хотят, так и работают.
3) Есть подозрение, что у вас винт очень старый, возможно много битых секторов.
4) Смущает меня флаг lba у sda3. Насколько понял, это использовалось ещё во времена IDE дисков.