1. Как уже правильно сказали, где ServerName, ServerAlias ? Как апач должен угадать, где хосты находятся, на которые ты по имени ссылаешься?
2. Почему у тебя все логи в одно и то же место указывают?
3. Убери блоки <Directory />
Options FollowSymLinks
AllowOverride None
</Directory>
Alias /doc/ "/usr/share/doc/"
<Directory "/usr/share/doc/">
Options Indexes MultiViews FollowSymLinks
AllowOverride None
Order deny,allow
Deny from all
Allow from 127.0.0.0/255.0.0.0 ::1/128
</Directory>
из своих виртов.
4. Блок ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
<Directory "/usr/lib/cgi-bin">
AllowOverride None
Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
тоже лучше убрать, если только у тебя cgi-скрипты не используются.
5. Верни вебмордочку почты туда, где она лежала. Исправь пути к ней в mail.ces-tom.ru.