Вот и мне интересно - как?
Ну, на самом деле, может быть несколько вариантов закончить работу с прогой (зависит от того, как это реализовал автор конкретного софта, в своем коде):
* нажатием на крестик в верхнем углу окна, в результате закрывается окно, по-идеи, должен(ы) завершаться и процесс(ы) "работающий(е)" в этом окне;
** нажатием Ctrl+W, в общем почти тоже, что и нажатием на крестик, только реализовано несколько иначе, но суть та же - закрываем окно, завершается процесс;
*** нажатием Ctrl+Q, в этом способе, по-идеи, другая последовательность - сначала выходим из проги (т.е. завершается ее основной процесс), и уже как следствие закрывается ее окно.
Так, все же, каким способом ты завершаешь работу Ubuntu Tweak?..