При выключенном скайпе:
rm -rf .Skype/<имя_ненужной_учётной_записи>
Конечно, сама учётная запись в скайпе останется, нужен скйп-клиент и пароль от записи, чтобы её вообще удалить.
По поводу командной строки см. системную справку или совет предыдущего человека.