1.Первый вопрос в том можно ли поднять сетевой интерфейс (eth0) без записи auto eth0 и т.п. (типа статик или dhcp) используя только auto eth0?
auto <ifname> всего лишь указывает менеджеру сети, что интерфейс с этим именем надо поднять.
Как именно и с какими настройками поднимать - указывается отдельно.
А в вашем случае вообще не нужно этого делать.
2.Второй вопрос на одном месте подымается через pppoe (используя настройку pppoeconf), а на втором месте vpn l2tp, будут ли они мешать друг другу (интернет подымается то одним то другим способ в зависимости от места нахождения)?
Вопрос у вас поднимается?...
Нет, мешать не будут. Если правильно настроить.
Примеры условной настройки интерфейсов есть в документации.