while read i; do rm "$i"; done < /путь/к.списку.файлов
Обратите внимание!
1. ваш список файлов некорректен. Все абсолютные пути к файлам должны начинаться со слэша /
home/user/1.txt - НЕПРАВИЛЬНО!
/home/user/1.txt - ПРАВИЛЬНО!
2. Все относительные пути работают из каталога, в котором запущен терминал.
PS Прежде чем удалять что-то, посмотрите вывод такой команды
while read i; do echo "rm "$i""; done < /путь/к.списку.файлов
и проверьте, нет ли в выводе файлов, которые не надо удалять.