Если не требуется работа с какой-то специфичной аппаратурой, то использовать эмулятор. DOS очень хорошо проэмулирован со всеми нужными функциями. Стоит использовать DosBox, потому что он уже изначально заточен под DOS, хотя при этом не является полноценным DOS. Как Wine для Windows-приложений, хотя в отличии от него реализует все функции и практически нельзя найти программу, которая бы в нём не запустилась. Ну а если нужно использовать какие-то очень специфичные DOS-возможности, то можно поставить полноценную ВМ - Qemu или VirtualBox. Если хочется богатых возможностей отладки на уровне ВМ, а производительность не критична, то можно посмотреть в сторону Bochs.