Spectacle - входит в состав KDE, может сохранить в картинку в разных форматах или экспортировать ее в другую прогу для работы с картинками, среди тех, что есть на компе.
Shutter - может все, что вам нужно, в том числе и немного редактировать.
Если нужна именно отельная программа для редактирования изображений, то GIMP. Он есть в большинстве дистрибутивов предустановленный. Он умеет даже намного больше, чем обраезать, повернуть, конвертнуть в другой формат.