regenerat, В коньках, на сколько я помню, настройки позволяют вывести окно как угодно, однако прозрачность для мыши не возможна. В KDE есть отдельные настройки для каждого отдельного окна, позволяющие сделать с ним практически что угодно. В том числе прозрачность для фокуса. Если будите искать плагины для компиза, ищите упоминание прозрачности фокуса (focus transparent).