По файрфоксу, что бы он применял настройки прокси от гнома, то в нем надо указать, что бы он использовал системные настройки прокси сервера.
Настроить для всех приложений боюсь не получится, так как не все приложения используют гномовские настройки для прокси, а некоторые и на переменные среды бывает не смотрят.
Если надо пускать приложения, через прокси, которые не умеют работать через прокси-сервера, советую попробовать transconnect(его правда в репозиториях нету).