А попробуйте, чисто для исключения, сравнить свой .desktop c таким же произвольным файлом, но созданным средствами системы
Пробовал взять другой файл из /usr/share/applications и скопировать его на рабочий стол. Результат точно такой же.
Права на него нужны абсолютно только такие, как задумали разработчики.
Дело не в правах - то есть не только в правах.
1) Права на исполнение нужны, без них не получается совсем ничего.
2) Но этого недостаточно - нужно проделать фокус с правой кнопкой мышки.
3) После этого фокуса меняется внешний вид иконки на рабочем столе и ее поведение - но ни права, ни содержимое файла не меняются. Но где-то же эта информация хранится - вот я и хочу её найти.
Стандартными средствами Ubuntu создешь "ярлык запуска программы" на рабочем столе.
А нет этого "стандартного средства" в Ubuntu (по крайней мере, 20 и 21). Точнее, есть, но оно именно и заключается в копировании файла desktop и в последующих танцах вокруг него. По крайней мере, мне не удалось найти в паутине никакого другого способа.