Без потери настроек - да, без потери программ - нет.
Настройки в скрытых папках в /home/user_name/. Если в /home монтируется отдельный раздел, то при переустановке снимаешь галочку "форматировать" с него и подключаешь опять же в /home. Если нет, то просто скопировать куда-нибудь файлы и, после, закинуть обратно.