С записью на раздел с Windows проблем не будет, если его правильно смонтировать, например, так:
/dev/sda1 /media/win ntfs-3g noauto,rw,users,suid,dev,noexec,uid=1001,gid=1000 0 0
Здесь uid и gid - это мои как пользователя.
Если в диссертации есть таблицы и вообще что-то сложное, то действительно лучше не делать её
в LibreOffice, в Word может сильно исказиться. Идеальный вариант - в LaTex.
Вот с Linux корневой раздел надо на SSD, а /home желательно на HDD, чтобы меньше было операций с SSD.