Синхронизация времени.

[AnrDaemon]

А у вас в if-up.d на вашей дряке не затесалось скрипта с ntpdate ? который убивает ntp, синхронизирует время, пытается поднять ntp...

[fisher74]

Нет, ничего подобного там нет. Да и стабильность интерфейса там на 5 с плюсом.
Да и к тому же

Почему он упал и продолжал непериодически падать выяснять уже не хотелось, потому как "спазм был вчера".

Но Вы меня натолкнули на мысль. Возможно тот самый спец.софт и косячит, пытаясь подогнать время по своему усмотрению.
Будет зуд - поковыряюсь и попытаю разработчиков (исходники есть, но я них ни бельмеса)