karten, учтите вот ещё что: если на винчестере не будет Windows, то оставлять данные на NTFS не имеет смысла, так как NTFS из под Ubuntu фрагментируется ещё больше, чем из под Windows, а дефрагментировать нечем, потому как на ext4 фрагментация крайне мала и Ubuntu ничего дефрагментировать не умеет (за ненадобностью).
Правда, в вашем случае, можно будет подключить внешний винт с разделом в NTFS к компьютеру с Windows и запустить дефрагментацию.
Так что минусами могут быть большая фрагментация файлов и непонимание NTFS-разделом линуксовых прав на доступ к папкам и файлам. Плюсом будет то, что все пользовательские документы будут видны на любом компьютере и на любой ОС.