кст у меня была подобная проблема не только в нетворк менеджере, а везде где используется policykit.
Не знаю с чем это было связанно, но проблема исчезала если загружать иксы как надо т.е через гдм логинится, а не через startx или gnome-session.
ps: Проблему так и не решил если загружаться через startx или gnome-session, собственно для меня это было не так критично ибо всё что мне нужно было настроить, смог настроить через консоль и всё таки хотел услышит автора темы как он решил это.