YarikFonarik, посмотри в своем биосе, может если HDD2 подключен вместо CD-привода биос видит его не как HDD, а например CD или USB.
Попробуй физически поменять HDD1 и HDD2 местами.
Еще вариант, ставить груб на HDD1 (где Windows) и настроить его на загрузку Windows и линух.