Вариант номер раз: "Veromix" - продвинутый виджет (плазмоид) для рабочего стола KDE (kubuntu). Он умеет управлять медиаплеерами и втыкать эффекты (в том числе эквалайзер).
Вариант номер два: pulseaudio ->> jack, и между ними можно воткнуть любой эквалайзер, хоть параметрический (в виде отдельного эквалайзера для jack, либо любой плагин (ladspa, lv2, dssi, vst) через контейнер, вроде Карлы).
P.S. ИМХО вообще лучше пользоваться эквалайзерами, встроенными в плейеры.