При запуске mysql формируется много ошибок, не знал на какую именно обращать внимание.
Проблема решена. Сделал бэкап с innodb_force_recovery = 2
Удалил mysql
apt-get purge mysql-server mysql-client mysql-common
Установил mysql
apt-get install mysql-server
Из бэкапа развернул базу данных и всё поехало сраслось.
Спасибо!