1. XFCE быстрее, чем Гном, но незначительно. В Xubuntu вполне можно поставить Gnome, Fluxbox или хоть KDE, большого вреда от этого не будет — зато можно будет переключаться между оболочками. Однако есть вероятность, что какие-то специфические службы, которые тянет за собой Gnome или KDE, будут исполняться даже при запущенном XFCE, немного увеличивая расход памяти. Если на машине более 512 МБ ОЗУ и процессор не старше трёх лет — то это вообще не является проблемой.
2. По-видимому, Вам лучше делать это через синаптик, он будет выкидывать предупреждения на русском языке, если удаление пакета затронет важные системные компоненты. Но, опять-таки, если у Вас система стоит не нетбуке с флэш-диском на 4 ГБ, а на обычном винчестере, то овчинка выделки не стоит.
3. Нет.