Решил продолжить, так как проявилось нечто новое.
После того как удалил планку памяти (было 512м, осталось 256м), после очередной перезагрузки система чего-то там сама перестроила и на рабочем столе пропали подписи у ярлыков. Через время вернул планку 256м (стало снова 512м). После перезагрузки ярлыков на рабочем столе вообще не стало. Перенастраивал разрешение видеодрайвера, выставлял эфекты рабочего стола, но ярлыки так и не появились. После одной из перезагрузок пропала нижняя панель. Потом после перезагрузки (ничего не перенастраивал) появилась снова. Где копать-то?
Кажись нашел причину. Всласть начитавшись на форуме сообщений, вышел на изменение размеров значков на рабочем столе. Оказывается я когда-то поставил в nautiluse размер значков по умолчанию 33%. Вероятно при увеличении разрешение экрана (например у меня с 1024х768 до 1152х864) размер значков становился меньше допустимого для наутилуса, и наутилус их просто не отражал. Видимо такая же зависимость была и для текста под значками, так как иногда воспроизводились только значки без подписей. Увеличил размер до 50% и значки появились.
Хочу отметить еще одну зависимость. Иногда при изменении разрешения экрана (с большего на меньшее), некоторые значки уходили за границы экрана. То же иногда было с нижней панелью. Получается наутилус не перемещает автоматически значки и нижнюю панель в пределы поля видимости для нового разрешения.