Так всеже почему поклацивает? Это не только локальная проблема, Многие люди имеют ее. Судя по всему это нормальное поведение убунты.
Как выше отметил Виктор, сложно понять не послушав. Может на диктофон записать?
Кстати, уж не попадались ли мне в Инет такие записи... Точно помню втречал запись по диагностике авто-двигателя, и по хардам вроде были пару лет назад.Клацать может т.к. винту трудно читать какой-то сектор. С первой попытки не выходит и он делает много попыток чтения с одного места. И это слышно в виде щелчков и проч. звуков.
Бывает это из-за дефектов поверхности (бэд блоки). Но мне не раз встречалось когда тоже самое происходит из-за неисправностей питания системного блока или самого харда. Неисправности были двух видов.
1) Элементарно не хватает вроде как честных 300Вт, например, на систему с двух-ядерным процом и несколькими жёсткими дисками. В целом система работает, но иногда вдруг проблемы с чтением/записи диска. А бэдов или их следов при этом найти не удаётся. Хотя при "счастливом" стечении обстоятельств, может и отремапить исправный блок...
2) Блок питания достаточно мощный, но разъём питания плохо одет или его контакты потеряли упругость. Или почти все устройства в системе "висят" на одном канале (на одном разъёме) через множество переходников. Проблемы вызывало чаще с IDE Сигейтами.
Хочу отметить, что при _слабой_и_нестабильной_ нехватке питания поведение системы в разных ОС может отличатся. В т.ч. и акустически. ( WD 2500jd под WinXP и Kubuntu). Т.к. разная тактика обработки ошибок записи/чтения на жёсткий диск.