У меня Lubuntu 12.04 x86_64, все работает, куб вертится, эффекты компиз работают. Устанавливал # apt-get compiz, #apt-get compizconfig-settings-manager, #apt-get compiz-plugins-extra.
В сессионные настройки рабочего стола поменял с lubuntu-openbox на compiz, при старте все запускается.