Надеюсь, что не так, но похоже, раз "нет", то значит нет. Даже не знаю чем помочь.
А в "Домашней папке" вообще всё на месте? И много там было папок и файлов.
Поставил у себя в Ubuntu 10.10 в Ubuntu Tweak такую же галочку. Послде перезагрузки получил чёрный экран только с курсором мыши. Перезагрузил "Иксы" через "Ctl+Alt+Backspace" - рабочий стол восстановился в прежнем режиме. Повторная перезгрузка привела к чёрному экрану, а примерно через 5 секунд обычный рабочий стол появился сам. В обоих случаях ничего нового (из "домашей папки") на "Рабочем столе" не отобразилось. Но слетел значёк "Корзины" выставленный как раз через Ubuntu Tweak.
Похоже это глюк именно Ubuntu Tweak. Чем помочь не знаю, извините.