у мну ситуация похожая была - фс ext4, Ubuntu время от времени начинала что-то то ли читать, то ли писать на жёсткий, в общем диск тарахтел непрерывно, система не то чтобы зависала,но тормозила конкретно,работать было абсолютно невозможно. недавно переустановил на ext3, и,как ни странно, тормоза ети исчезли. по крайней мере,пока их не наблюдал. так что может быть виновата фс..