Пробывал смотреть системный журнал но там нет некаких смс об ошибке
Какой это именно лог?
Исходя из того, что пишется в системный журнал, можно попробовать.
1) Сначала попробовать удалить gimp
sudo aptitude purge gimp
Закрываются только gtk приложения? Если да, то это может быть связано с gimp. Gtk был составляющей частью gimp, потом выделился в отдельный проект. Возможно, у них осталась какая-то взаимосвязь. Также стоит проверить, остается ли процесс приложения после того, как закрывается окно, т.е. сегфолтится только GUI или падает все приложение.
2) Если это не поможет, копать в сторону glib. Боюсь накаркать, но если самопроизвольно закрываются и gtk, и qt окна, то проблема именно в libglib. Может Гуру подскажут, как лечить. Glib - это библиотека процедур языка C. Переустановить пакет не получиться, так как его удаление обрушит всю систему. Можно попробовать переконфигурировать его.
sudo dpkg-reconfigure libglib
Удачи.