Хорошая у тебя подпись, неплохо всегда с этого начинать. Только исправь, пожалуйста, там ошибку.
Что для тебя есть установка? Если, например, "официальная" процедура установки из деб-пакета, то только туда, куда предусмотрено в этом пакете. Ни разу не встречалось, чтобы там была установка в хоме.
Остается ручной вариант. Тут волен поступать как угодно. Но и отвечаешь за работоспособность сам.
Например, в программе записан запуск файла с полным путем. Вроде с одной стороны хорошо, хоме нет в стандартных путях, наверно по-этому тебе и пришлось править десктоп-файл. Но с другой стороны, этот файл и должен находиться только в жестко заданном месте.
Установил ты программу в хоме, запустил, работает. Переустановил систему, подключил хоме, запускаешь программу, не запускается. В прошлый раз у тебя в системе была какая-нибудь библиотека, необходимая программе, а сейсас она не установлена или неподходящая версия.
По этой-же причине и сам хоме может не работать с переустановленной системой. Поэтому я за то, что хоме в системе должен быть свой.
Например, плеер vlc. Ты долго мучился, настроил, сохранил настройки. Переустановил систему. А там другая версия vlc. А он в своих настройках сохраняет версию. Если видит, что версия другая, то переписывает конфиг дефолтными значениями и все твои сохранения псу под хвост.